Plateforme épigénétique/épitranscriptomique EPICO

La plateforme EPICO est une plateforme de biologie moléculaire de l’Institut de Cancérologie de l’Ouest sur le site de Saint Herblain, spécialisée dans l’étude des modifications chimiques de l’ADN et de l’ARN (épigénétique et épitranscriptomique).

L’objectif de la plateforme est de développer et de proposer des solutions innovantes pour l’analyse des épimarques, en lien étroit avec les activités cliniques et la recherche. 

Pour la clinique : décrypter les épimarques circulantes à visée de biomarqueurs diagnostiques, pronostiques ou prédictifs.

Pour la recherche : accompagner la caractérisation multi-omique de processus biologiques et pathologiques

La plateforme propose un large éventail d’analyses allant de l’étude de la méthylation de l’ADN, du cfDNA ou des ARNs par méthodes immunologiques (ELISA), jusqu’à l’analyse directe des modifications épigénétiques et épitranscriptomiques par séquençage Nanopore, notamment pour la détection de la 5-méthylcytosine (5mC).

L’équipe est constituée d’un chercheur spécialisé en épigénétique/épitranscriptomique, de biologistes médicaux, de bio-informaticiens, d’oncologues et de techniciens spécialisés, garantissant un accompagnement scientifique et technique de haut niveau. 

Responsable de la plateforme : 

• Pierre-Francois Cartron – Chercheur INSERM/ICO

Responsables adjoints :

• Mathilde Dupé - Biologiste médicale
• Fabien Gautier - Bioinformaticien

Autres membres de la plateforme : 

• Techniciens : Séverine Blondeau/Dorian Espi-Bastien/ Arulraj Nadaradjane
• Cliniciens : Jean-Sebastien Frenel/ Judith Raimbourg
• Cheffe de Projet : Gwenola Cartron
• Biologistes : Armelle Lefrançois/ Bertrand Volard
• Bioinformatique : Guillaume Dupas

Extraction des acides nucléiques

• ADN à partir de cellules en culture ou de leucocytes (buffy coat, par exemple)
• ARN et micro-ARN issus de cellules en culture, de plasma ou de vésicules extracellulaires
• cfDNA plasmatique

Séquençage direct – Oxford Nanopore Technologies (long reads)

Analyse directe des modifications épigénétiques et épitranscriptomiques avec conservation des informations de méthylation pour :

• ADN cellulaire
• ARN cellulaires
• cfDNA (comparaison possible avec la méthylation de l’ADN des leucocytes)

Analyses ciblées

• Analyse d’une ou plusieurs cibles par digital PCR (ex. : multiplexage de miRNA)
• Analyse ciblée de marques de méthylation par digital PCR :
  • niveau de m5C d’un miRNA spécifique (méthode me-miRIP)
  • pourcentage de méthylation d’un gène dans le cfDNA (méthode MSRE)

Analyses globales (ELISA) – niveau cellulaire ou plasmatique

• Méthylation :
  • ADN : 5mC, 6mA
  • ARN : m6A, m5C, m7G, m1A
  • Histones : H3K27me3, H4R3me2, etc.
• Acétylation des histones :
  • H3K9Ac, H3K23Ac, etc.

Autres expertises

• Modèle in ovo (en cours de développement)
• Analyses bio-informatiques intégrant différents pipelines d’analyses dont D2MAP pour l’analyse de méthylation différentielle et RSAP pour la caractérisation de l’épissage alternatif. 

La plateforme EPICO propose un accompagnement complet en gestion de projet, depuis l’idée initiale jusqu’à la mise en œuvre expérimentale.
Selon les besoins, les prestations peuvent inclure :

• l’extraction des acides nucléiques,
• les analyses expérimentales,
• et/ou l’analyse bio-informatique.

Pour toute demande de prestation, merci d’envoyer un mail à Gwenola.Cartron@ico.unicancer.fr

Après analyse de la demande, un devis personnalisé vous sera proposé.

Extraction : QIAcube (Qiagen®) ou protocoles manuels (Qiagen®) Quantification & qualité : Qubit (ThermoFisher®), TapeStation (Agilent®) Séquençage : P2i – Oxford Nanopore Technologies® Digital PCR : NioE (Stilla® – Bio-Rad®) PCR : QIAamp®